Universitas Indonesia mengalami banyak sekali perubahan dalam sejarahnya yang relatif panjang. Dari perspektif subtantif, lembaga ini ditetapkan melalui Keputusan Pemerintah Nomor: 22, tanggal 2 Januari 1849 dan selanjutnya pendidikan tersebut dimulai pada bulan Januari 1851 dengan nama, "Sekolah Dokter Jawa" (Dokter java school). Pada akhir abad ke-19, Sekolah Dokter Jawa dikembangkan lebih lanjut menjadi School tot Opleiding Van Inlandsche Artsen (STOVIA) (1898). STOVIA ditutup di tahun 1927 pada usianya yang ke-75 tahun. Sebagai penggantinya, didirikan Sekolah Tinggi Kedokteran di tahun 1927 melengkapi kehadiran 4 Sekolah tinggi lainya yang tersebar di beberapa kota. Keempat sekolah tersebut yaitu: Sekolah Tinggi Tehnik di Bandung (1920), Sekolah Tinggi Hukum di Batavia (1924) dan Sekolah Tinggi Sastra dan Budaya di Batavia (1929). Sementara itu, di Bogor dikembangkan Sekolah Tinggi Pertanian. Kelima Sekolah Tinggi tersebut merupakan cikal bakal fakultas-fakultas di bawah naungan Nood Universiteit (Universitas Darurat) yang didirikan pada tahun 1946 di Jakarta, pada masa awal pendudukan Belanda pasca Perang Dunia ke-2.
Nood Universiteit pada tahun 1947 berganti nama menjadi Universiteit van Indonesie yang berkedudukan di Jakarta. Beberapa Guru Besar nasionalis (diantaranya Prof. Mr. Djokosoetono), mengoperasikan Universiteit van Indonesie di Ibu Kota Republik Indonesia yang pada saat itu berada di Jogjakarta. Kegiatan akademik tersebut terpisah dari Induknya di Jakarta yang masih berada dalam kekuasaan Belanda. Pada tahun 1949, pengakuan kedaulatan Rl oleh Belanda berlangsung dan Ibu Kota kembali dipindahkan ke Jakarta. Universiteit van Indonesie Jogjakarta dipindahkan kembali ke Jakarta. Hampir bersamaan dengan hal tersebut didirikanlah Universitas Gadjah Mada di Jogjakarta di tahun 1949.
Pada tahun 1950, melalui serangkaian "ketegangan" antara Guru Besar Nasionalis dengan Guru Besar Belanda, akhirnya Universiteit van Indonesie berganti nama menjadi "Universitas Indonesia". Perguruan Tinggi ini mempunyai beberapa Fakultas dibeberapa kota yaitu: Jakarta (Kedokteran, Hukum, Sastra dan Budaya), Bandung (Tehnik), Bogor (Pertanian), Surabaya (Kedokteran Gigi), serta Makasar (Ekonomi).
Fakultas-fakultas diluar Jakarta pada tahun 1960-an berdiri sendiri. Universitas Indonesia di Jakarta mempunyai kampus di Salemba dan terdiri dari beberapa Fakultas seperti: Kedokteran, Kedokteran Gigi, Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Sastra, Hukum, Ekonomi, dan Tehnik. Pada perkembangan selanjutnya berdirilah Fakultas Psikologi, Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik, Kesehatan Masyarakat, llmu Komputer dan kemudian Fakultas Keperawatan.Pada tahun 1970-an hingga awal 1980-an, Universitas Indonesia mempunyai 2 kampus utama, yaitu di Salemba dan Rawamangun. Pada tahun 1987, Universitas Indonesia membangun kampus baru di Depok di area seluas 320 ha. Mulai tahun tersebut Universitas Indonesia melepaskan Kampus Rawamangun namun masih menggunakan
Kampus Salemba untuk kegiatan akademik Fakultas Kedokteran dan Fakultas Kedokteran Gigi. Jumlah seluruh area yang menjadi aset tanah Universitas Indonesia adalah sekitar 350 ha atau sekitar 3.500.000 M2 (di Jakarta Pusat, Depok, Tangerang, dan Jakarta Timur). Pada tahun 2000 Universitas Indonesia menjadi salah satu Perguruan Tinggi dengan status Badan Hukum di Indonesia. Hal ini mengawali implementasi gagasan otonomi kampus yang meliputi dua hal sebagai berikut: Pertama, otonomi dalam hal pengembangan akademik. Kedua, adalah otonomi pengelolaan keuangan. Otonomi tersebut memberi ruang bagi Universitas Indonesia untuk berkembang dan memainkan peranan yang mendasar di era masyarakat berbasis pengetahuan (knowledge-based society).
Dari catatan genealogis di atas, penting direnungkan bahwa kelangsungan Ul seiring dengan perkembangan peradaban Indonesia khususnya dalam dunia akademik. Dapat dikatakan bahwa Ul merupakan cikal bakal dan titik tolak pencerahan untuk Indonesia modern. Ul menjunjung nama Indonesia dan hal ini merupakan kebanggaan sekaligus tanggung jawab.
Dalam kaitan ini, Universitas Indonesia sebagai "universe", selayaknya mempunyai kapasitas untuk menjadi motor peradaban dan kemanusian mencapai "kemajuan" yang tidak abai pada keseimbangan antara orientasi nilai-nilai akademik, dengan moralitas dan seni. Dengan demikian, peradaban bangsa dan kemanusiaan di Republik ini di masa datang seyogyanya ditandai oleh terciptanya kemajuan, keadaban, kemakmuran, keadilan, kedamaian, demokrasi, serta keseimbangan dan kelestarian lingkungan hidup.
Sumber : http://ui.ac.id/id/profile/page/sejarah
